微生物发酵是一类生物加工手段，工作人员可以人为调控生产环境，依靠微生物自身代谢能力，把各类原料转化成经济价值更高的产物，食品加工、饲料制作、生物环保、现代化生物制造行业都会将这项技术当作核心加工手段，对比传统化工合成工艺，微生物发酵生产条件温和，碳排放更低，产生的污染物更少，能够适配加工的原料种类也更广，最近几年，微生物组学分析、发酵工艺改良、多菌种搭配发酵、发酵智能管控设备都有快速发展，原料利用效率、产品产出量、整套生产流程的稳定程度都得到明显提升，本文会梳理微生物发酵的基础工作原理、市面上主流的发酵类型、当下发酵相关新技术的研究进展，同时介绍这项技术在食品加工、饲料原料再利用、生物化工、农业废弃物料处理领域里的实际应用情况，梳理现阶段发酵技术落地生产时存在的各类限制条件，再对后续发酵生产朝着智能管控、精准操作、绿色低碳的发展方向做出梳理，全文内容能够给微生物发酵相关课题研究、工厂工业化投产提供基础理论参考。